Можно при создании/редактировании товара вносить его и в подкатегорию и в категорию, но это занимает время, проще автоматом выводить товары из подкатегорий в самой клавной родительской категории.

данный хак позволит вывести все товары не только в своих подкатегориях но и в родительские категории, даже если они не выбраны при внесении товара.

Находим файл — catalog/controller/product/category.php

находим

$data['products'] = array();
$filter_data = array(
 'filter_category_id' => $category_id,

 

после добавляем:

'filter_sub_category' => true,

Все, после данных манипуляций все наши товары из подкатегорий отныне выводятся в родительской категории.