При переносе файлы из папок tmpl нужно переносить в родительскую папку. Например, для файла шаблона категории товаров \components\com_virtuemart\views\category\tmpl\default.php новый адрес будет иметь вид \templates\имя_шаблона\html\com_virtuemart\category\default.php.

Если вносились изменения в файл стилей\components\com_virtuemart\assets\css\vmsite-ltr-site.css, то скопируйте его в папку со стилями шаблона \templates\имя_шаблона\css.

Так же в папку \templates\имя_шаблона\html\ перенесите измененные файлы модулей virtuemart.

После переноса всех измененных файлов можно переходить к обновлению.

Самый быстрый способ — обновление через Расширения > Менеджер расширений > Обновление.

Нажмите кнопку Найти обновления и установите новые версии virtuemart и всех его расширений.

 

Если автоматическое обновление по каким-то причинам не сработает, то по старинке можно скачать новые версии с оф. сайта и установить через менеджер расширений.