При переносе файлы из папок tmpl нужно переносить в родительскую папку. Например, для файла шаблона категории товаров \components\com_virtuemart\views\category\tmpl\default.php новый адрес будет иметь вид \templates\имя_шаблона\html\com_virtuemart\category\default.php.
Если вносились изменения в файл стилей\components\com_virtuemart\assets\css\vmsite-ltr-site.css, то скопируйте его в папку со стилями шаблона \templates\имя_шаблона\css.
Так же в папку \templates\имя_шаблона\html\ перенесите измененные файлы модулей virtuemart.
После переноса всех измененных файлов можно переходить к обновлению.
Самый быстрый способ — обновление через Расширения > Менеджер расширений > Обновление.
Нажмите кнопку Найти обновления и установите новые версии virtuemart и всех его расширений.
Если автоматическое обновление по каким-то причинам не сработает, то по старинке можно скачать новые версии с оф. сайта и установить через менеджер расширений.